我用了很长的篇幅去介绍了南京故宫的历史沿革。实际上，作为北京故宫的蓝本，南京故宫在具体设置上也包含了很多值得深究的内容。明朝可以说是封建制度达到最完善的一个朝代，各项制度都得到了比较好的规定。而这种制度，也能在明故宫的建筑形式中得到体现。
明故宫布局图
如前文所述，明故宫以皇城与宫城为主体，是明朝最为重要的中央机构。其一系列建筑不仅包含大家熟知的皇帝寝宫和朝会场所，还有祭祀坛庙和官员办公场所。
宫城即是故宫最核心的地方。和北京故宫一样，南京宫城亦被称为紫禁城或大内，其四周有御河，是皇帝起居、处理朝政、接受中外使臣及皇室成员居住的地方。如今午朝门公园内的明故宫遗址，即为当年宫城中的最核心部分，也能看到小段御河。根据历史资料和考古结果来看，宫城坐北朝南，呈长方形，南北长约0.88千米，东西宽约0.85千米，共设有垛口2370个。宫城共有4座城门：正门为午门、西门为西华门、东门为东华门、北门为玄武门。此处的玄武门又名后宰门，早已湮没在历史尘埃中，而如今的玄武门是民国期间重开的城门，并不相关。而午门和东华门保存尚为完好，是今人凭吊历史的好去处。如今的东华门遗址与午门遗址之间间隔了整个南京航空航天大学明故宫校区，足见昔日的宫城之大。
今南京午朝门公园（明故宫遗址）
由于北京故宫是仿南京故宫建成，故北京故宫的格局与南京故宫相仿。昔日的南京故宫宫城，从午门进入后即为内五龙桥（内五龙桥至今尚存，但栏杆为后补建），桥下是内御河，桥后为奉天门。过了奉天门，由南向北即为宫城的核心建筑区，包含有奉天殿、华盖殿和谨身殿三大殿，构成了宫城“前朝”的主体部分，用于朝会、接见外臣等事宜。继续向北为乾清门，之后便是后廷部分，包含乾清宫大殿，以及大家在清宫剧中常听说的东暖阁、西暖阁和坤宁宫等。
皇城则包含了宫城在内，是中央行政机构和国家宗庙祭坛的所在地。皇城坐北朝南，呈倒凸字形，主体南北长约2.7至3千米，东西宽约2至2.2千米，设有城门7座：洪武门、长安左门、长安右门、承天门、东安门、西安门、北安门。其中西安门在规格上仅次于午门，因为从西安门进出皇城最为方便，使用频率较高。西安门至今尚存遗迹。
从午门看御道街
皇城内包含了几乎全部的中央官署与军事中心，进皇城洪武门后便是南北向的千步廊，其后面两侧即为中央官署所在地，基本按照文左武右的格局。《洪武京城图志·序》载：“六卿居左，经纬以文；五府处西，镇静以武。”也就是说，西侧为高级军事指挥机构，包括中、左、右、前、后五军都督府，以及太常寺、通政司、锦衣卫、旗手卫、钦天监等；东侧为中央高级官署，包括宗人府、史部、户部、礼部、兵部、工部，以及翰书院、詹事府、太医院等（刑部与都察院、大理寺并称“三法司”，设置在南京太平门外的太平堤西侧）。御道尽头为外五龙桥，桥下为外御河，桥前东为长安左门，西为长安右门，桥后为承天门。在皇城西南角的皇墙下，设有宦官诸监，包含司礼、内官、御用、司设、御马等十二监。明朝较少有外戚干政的情况，但宦官问题较其他朝代更为严重。
明故宫遗址局部
明朝极其注重各类祭祀活动，祭祀内容包含天地、先祖、孔子和帝王武将等。这些国家专用的祭祀坛庙也都分布于皇城之内，并得到了极其精心的修建。周礼《考工记》云：“左祖右社”，因此，太庙位于承天门内之东，与社稷坛隔御道相对。
从建筑特色来看，明故宫的建筑符合天象和礼制要求，同时也与所在地的自然条件相吻合。
北京故宫的核心被称为紫禁城，而南京故宫亦是如此。“紫禁”二字，来自星象紫微垣。紫微垣是“天子之所居”，所以用紫宫来当宫城的名称，宫城也按照“紫微垣”布局。而皇城则是依照“太微垣”布局。在修建过程中，明朝政府还特意将天道体现在建筑上，如在正殿之后建立乾清宫、坤宁宫，象征帝后犹如天地；在乾清宫左右设立日精门、月华门，象征日月陪衬在帝后左右；在东安门外设有青龙桥，在西华门外设有白虎桥，取自星宿二十八宿，以象征顺应天意。
午门的中间门洞
礼制是封建王朝维护统治的一项有力武器，因此南京故宫的建设也极其注重礼制上面的要求。南京故宫沿用三朝五门的制度，即设有洪武门、承天门、端门、午门、奉天门、奉天殿、华盖殿、谨身殿，符合《礼记》中“周天子及诸侯皆有三朝：外朝一，内朝二；天子有五门：外曰皋门，二曰雉门，三曰库门，四曰应门，五曰路门”的要求。午门还特意设置为高大门阙，通过门阙的体量和所组成的空间来相应《礼记》的 “以高为贵”，体现皇帝所需的崇高与威严。
南京故宫在选址和建造上也充分体现了对自然条件的顺应。南京故宫总体而言偏向主城区的东南角而非城市中央，是为了依靠富贵山的地势，并且利用原来的城池东渠作为皇城西渠，从而将午门以北的内五龙桥、承天门以南的外五龙桥和宫城城濠与南京城水系相互连通。同时，这种布局还避免了在本就居民密布的城中进行大量产拆迁工作，有利于维护民心。
谨身殿遗址
回过头来再看，尽管明故宫主体已经湮没无存，但仅仅是遗留在文献中大的一切就足以得到我们的很多关注。作为北京故宫的蓝本，南京故宫在形制上是开创性的，也是封建制度达到顶峰的一个标志。